抗病毒治疗的治疗过程分为以下三个目标。基本终点:病毒的定量负转移和病毒学应答的长期维持是抗病毒的基本目标。病毒的定量负转移(HBV脱氧核糖核酸检测不到)也称为病毒学应答。干扰素治疗和核苷治疗可以达到这个效果。达到这个目标并不意味着立即停止治疗，因为此时的脱氧核糖核酸（DNA）是阴性的，药物抑制了脱氧核糖核酸（DNA）复制过程中的关键步骤。病毒仍然活跃在大本营，所以一旦药物停止，病毒的脱氧核糖核酸（DNA）将很快再次上升，甚至导致重型肝炎。
满意终点:在连续阴性HBV 脱氧核糖核酸的基础上，谷丙转氨酶恢复正常，戊抗原血清转化实现，停药后反应持续。在达到第一个目标后，将继续用阳性E抗原治疗慢性乙型肝炎。有些患者可以实现大肠杆菌抗原的血清学转化，即大肠杆菌抗原的阴性转化和大肠杆菌抗体的出现。这表明人体免疫系统和
乙肝病毒之间的能量波动发生了很大变化，实现了部分免疫控制。与核苷类治疗相比，干扰素治疗有较高的E抗原血清转化概率，停药后3年，E抗原血清转化率约为三分之一。理想终点:表面抗原清除是在二级靶标的基础上实现的，表面抗原清除是“功能性治愈”。换句话说，乙肝患者接受适当的治疗，停药后获得的乙肝表面抗原消失很长时间。
达到这一结果后复发的可能性非常低。随着医学的不断进步，如干扰素延长治疗和核苷类联合治疗，已经达到表面抗原清除的患者数量增加。随着抗病毒药物可获得性的提高，越来越多的慢性乙型肝炎患者期望获得更好的治疗效果，明确目标，听从医生的建议和后续治疗，这将离更好的治疗效果更近一步。要达到理想的终点或满意的终点，即如果停药后HBV脱氧核糖核酸和肝功能能长时间保持正常，则可视为临床治愈。
